安徽审计职业学院审计系成立于2004年9月。现开设审计专业（财务审计方向）、审计专业（注册会计师方向）、审计专业（内部审计方向）、审计专业（基建审计方向）等4个专业方向，其中审计专业（财务审计方向）(原会计与审计专业)获得“安徽省省级特色专业”“中央财政支持高等职业学校专业建设发展项目”； 审计专业（注册会计师方向）、审计专业（内部审计方向）、审计专业（基建审计方向）[原审计实务（内部审计方向、社会审计方向、投资审计方向）]专业获得“安徽省省级特色专业建设点”立项、“中央财政支持的职业教育实训基地建设项目”立项和“安徽省示范实习实训中心――审计实务实习实训中心建设点”立项。
审计系拥有校内专任教师23人，兼职教师15人，其中教授3人，副教授8人，讲师7人，具有双师素质的专业教师占80%以上；具有高级审计师资格3人，注册会计师资格7人，国际注册内部审计师资格2人；安徽省高职高专省级专业带头人2人，安徽省教坛新秀1人，安徽省教学名师1人，省级优秀教师1人。在校生近1600人。
在办学过程中，审计系探索出“123”人才培养模式，实行“双证书”制。提出“校企结合、工学结合”的人才培养方案，为学生打造“成型、成业、成才、成功”四级技能的课程平台，要求学生在毕业时同时获得实用英语运用能力证书、计算机等级证书、从业资格证书。在校期间还组织学生参加全国助理会计师、助理审计师资格考试和全国造价员资格考试，有能力的同学还可参加注册会计师等高级资格考试，直接使专业教学融入职业教育，真正实现专业学习与就业岗位零距离对接。
多年来，审计系十分重视校内外实习实训基地建设。目前建有会计手工模拟实训室、审计手工模拟实训室、会计电算化实训室、工程绘图室、工程ERP沙盘实验室、工程综合模拟试验室、会计与审计综合模拟实训室和审计实务综合实训室等多个校内实训场所。实验室安装了金蝶、用友、网中网等会计模拟教学实训软件；审计之星、AO等审计模拟教学实训软件；广联达、斯维尔、一点智慧等工程模拟教学实验软件。2008年，成立了审计实习实训中心；2010年，与安徽省审计厅合作共建审计实习实训中心；2011年审计实习实训中心被安徽省教育厅认定为安徽省省级示范审计实习实训中心。
在安徽省审计厅的大力支持下，审计系在全省、市、县级审计机关及部分会计师事务所、工程造价咨询公司、内审机构以及有关企业，共建立了73个校外实习实训基地，能够满足相关专业毕业生综合生产实习和顶岗实习的需要。
为了让学生毕业后能零距离上岗，审计系在各专业日常教学中融入了大量的技能训练和岗位培训，以使学生在掌握扎实理论的同时具备一定的专业技能。此外，审计系实行双证教育，鼓励学生在取得毕业证书的同时获得会计从业资格证书、助理审计师证书、助理会计师证书、造价员证书和施工员证书等。近3年，审计系各专业学生获得职业资格证书比例达96%以上。 安徽审计职业学院会计系，源于2000年原安徽审计学校的会计专业（与安徽大学联合办学审计学校教学点，当年招生专科层次的注册会计师方向）。 2004年6月，安徽审计学校独立升格为安徽审计职业学院，设置经济管理系，包括财务会计类相关专业，后又逐步开设了资产评估与管理专业、商务管理专业和 工程管理专业。2014年5月，学院增设工程管理系，并将原经济管理系和贸易经济系分别更名为会计系和商学系。会计系目前在校生1400人。
会计系现有的会计（财务会计方向、税务会计方向）、财务管理、资产评估与管理等3个专业都是原经济管理系的传统品牌专业，其中会计专业和资产评估与管理专业 是省级特色专业（资产评估与管理专业系中央财政支持项目），近两年录取分数在学院名列前茅，其中会计专业一直处于最高。在高职高专专业分类上，会计和财务 管理2个专业属于财务会计类，资产评估与管理专业属于财政税务类，3个专业都属于财经商贸大类。
会计系在校内拥有一支师德高尚、教态严谨、学术优长、教风优良、结构优化、团队合作精神强的 “双师型”师资队伍。校内所有教师均具有硕士学位，部分教师正在攻读博士学位；所有教师都具有相关专业执业（职业）资格，包括注册会计师、注册造价工程师、一级建造师、高级会计师、高级审计师、高级经济师、会计师、审计师、经济师、律师等。专业课教师31人，其中副教授以上职称17人、讲师职称10人、助理讲师4人，包括安徽省会计行业领军人物1人，省级教学名师2人，省级教坛新秀2人；就业指导课教师3人。 另外，系里还有校外兼职专业课教师20多人，主要是校企合作企业一线的注册会计师、注册资产评估师、注册税务师等业务骨干。
会计系三个专业5个校内实训室仪器设备、教学软件等教学设施配套齐全、功能先进，实训室宽敞明亮、布局合理，整体环境舒适宜人；23个校外实习基地以合肥为中心覆盖省内有关市县，基本满足学生实习实践需要。 安徽审计职业学院工程管理系是基于将传统的工程管理类专业教学与安审审计特色相结合理念，对工程管理类相关专业重新整合，于2014年5月新成立的。工程管理系目前开设有建筑工程管理、工程造价、物业管理、房地产经营与估价等四个专业。
工程管理系拥有一支师德高尚、爱岗敬业、理论水平高、实践能力强的“双师型”师资队伍，目前共有专兼任教师37人，95%以上具有具有硕士及以上学位。其中副教授（副高）以上职称三人，其余人员全部具有中级以上职称。多数教师都具有注册造价工程师、注册监理工程师、一级建造师、注册咨询（投资）工程师、房地产估价师、房地产经纪人、物业管理师等相关执业（职业）资格，具有双师素质的专业教师占80%以上。
为满足学生实习实训的需要，工程管理系在校内设有各专业实训室，配备实训设备，安装各种包括广联达、斯维尔、一点智慧、思源物业管理等教学、实训软件。并 计划于“十二五”期间建设BIM&BLM、工程测量、建筑材料、工程审计、楼宇智能化等实训室。校外实习基地以合肥为中心覆盖省内有关市县中心城 市，校外设有校企合作综合实训基地16个，其中包括万科、中海、保利、恒大、绿地、中铁建等国内一线品牌的地产企业，充分满足学生实习实训和实践需求。
工程管理系在专业建设与课程建设上，将突出“以工程管理为平台、以工程审计为特色”的建设理念，把工程管理系打造成培养符合现代全寿命周期工程管理需求的 复合型高端技能型人才的培养基地。在各专业日常教学中融入了大量的技能训练，现场教学，鼓励学生在取得毕业证书的同时获得相应的职业资格证书。在校期间， 通过努力学习，多数学生能够取得相关专业从业资格。近两年，学生从业资格证书通过率超过80%，增强了学生就业创业的核心竞争力。
工程管理系目前有在校学生649人。毕业学生主要就业去向为工程咨询机构（决策咨询、造价咨询、工程监理与项目管理咨询）、各类建设单位、施工承包单位、 工程审计企业、房地产开发与经营企业、房地产估价、中介企业、物业管理及相关管理机构。毕业生主要从事全寿命周期工程管理、工程审计、造价管理与咨询、社 会化的工程管理相关工作、小区物业管理、写字楼物业管理、商业物业管理、房屋管理、设备设施管理、品质管理、客户服务、房屋销售、房屋中介等相关岗位管理 工作，也可以从事企业管理工作。 安徽审计职业学院商学系于2014年5月在原贸易经济系基础上组建成立。现开设金融管理与实务、市场营销、物流管理、电子商务、商务管理、投资与理财等6个专业，其中物流管理专业为省级特色专业。学院是金融专业国家教学资源库联合建设单位，商学系参与了金融专业核心课程的课程标准制定及15个资源中心的建设。
商学系拥有一支爱岗敬业、师德高尚、教育观念新、改革意识强、教学水平高、实践能力强、结构合理的师资队伍。现有教职工27人，其中专任教师21人。在专任教师中教授1人，副教授5人，中级职称12人，高级营销师1人，高级经济师2人，高级物流师2人，高级电子商务师2人，经济师6人，讲师9人；双师型专业教师13人；硕士24人；省级教学名师1人，省级专业带头人1人，省级教坛新秀1人。
实行双证教学，要求学生在毕业时除获得毕业证书外，还要取得计算机、英语等级证书，鼓励学生积极参加助理营销师、助理物流师、报关员、助理电子商务师、助理理财规划师、助理审计师等职业资格证书的培训与考试，为学生持证上岗、就业打好基础。商学系2014届学生的职业资格证书持证率为93%。
商学系重视学生能力培养，建有较完善的校内实验实训室和稳定的校外实习实训基地。目前建有校内实验实训室6个，校外实习实训基地6个。积极组织学生参加校内、外技能大赛，近2年荣获了全国、省级各类大赛15个奖项，既开阔了学生的视野，又提高了学生的实际操作能力。
为了加大校企合作和工学结合的力度，拓宽办学空间，提升办学层次，提高办学水平，商学系积极与企业深度合作，以实现学院、企业及学生三方共赢。2010年～2013年，先后与顺丰速运集团有限公司安徽分公司、安徽朗凯奇建材有限公司、安徽桑乐金股份有限公司分别开设了物流管理专业“顺丰班”、市场营销专业“安审朗凯奇特色班”、“桑乐金营销班”，学生结业后基本上被合作单位录用。